Αρχικά λεγόταν Πολύανδρος, καθώς οι πρώτοι κάτοικοί της ήταν άνδρες βοσκοί. Το σημερινό όνομά της το οφείλει στον γιο του βασιλιά της Κρήτης Μίνωα, τον Φολέγανδρο. Το 425 π.Χ. ήταν υποτελής των Αθηναίων. Αργότερα την κατέλαβαν οι Ρωμαίοι, οι Βενετοί και οι Τούρκοι.
Η Χώρα
Ο παραδοσιακός οικισμός της Χώρας είναι χτισμένος σε υψόμετρο περίπου 200 μέτρων από τη θάλασσα και απέχει 3,4 χιλιόμετρα από τον Καραβοστάση. Οι πλακόστρωτοι δρόμοι και τα σοκάκια, οι πολλές και συνεχόμενες πλατείες, που είναι μοναδικό οικιστικό χαρακτηριστικό σε όλες τις Κυκλάδες, τα φροντισμένα σπίτια με τις μικρές ασπρισμένες αυλές και το Κάστρο είναι τα κύρια χαρακτηριστικά της Χώρας. Ο περίπατος στα στενά της γίνεται ελεύθερα, αφού δεν επιτρέπεται η διέλευση τροχοφόρων.
Η θέα της βόρειας, απόκρημνης πλευράς του Κάστρου από την πλατεία της Πούντας, η μεσημεριανή «σιέστα» στη σκιά της πλατείας των Ντουνάβηδων και η βραδινή ζωντάνια της πλατείας της Πιάτσας συνθέτουν την εικόνα που σχηματίζει ο επισκέπτης στην πρώτη επαφή του με τη Χώρα.
Το Κάστρο
Το Κάστρο είναι το παλιό κομμάτι της Χώρας. Πρόκειται για έναν μεσαιωνικό οικισμό που χτίστηκε για να προστατεύει τους ανθρώπους του νησιού από τις εχθρικές επιδρομές. Από τότε μέχρι σήμερα κατοικείται συνεχώς.
Η βορεινή του πλευρά είναι χτισμένη στο χείλος του γκρεμού. Τα σπίτια, αρκετά από τα οποία μετρούν πάνω από δέκα αιώνες ζωής, είναι κατοικημένα και σε καλή κατάσταση.
Η Παναγιά
Η μεγαλύτερη εκκλησία της Φολεγάνδρου, αφιερωμένη στην Κοίμηση της Θεοτόκου. Σκαρφαλωμένη στον βράχο πάνω από τη Χώρα, είναι χτισμένη στη θέση αρχαίου ναού, οικοδομικό υλικό από του οποίου χρησιμοποιήθηκε για την ανέγερσή της.
Στον αυλόγυρο και στο εσωτερικό του ναού θα δείτε αρχαίες επιγραφές, γλυπτά και βάσεις αγαλμάτων. Ο ναός υπήρξε καθολικό γυναικείας μονής.
Η εκκλησία πήρε τη σημερινή μορφή της κατά την ανακατασκευή που ξεκίνησε το 1816 και τελείωσε το 1821.
Ο Καραβοστάσης
Το λιμάνι της Φολεγάνδρου. Προσφέρεται για μπάνιο και ξεκούραση.
Η κύρια παραλία του Καραβοστάση είναι τα Χοχλίδια, υπάρχουν όμως τριγύρω διάφορες μικρές απομονωμένες παραλίες.
Από τον μόλο ξεκινάει ο κεντρικός δρόμος ο οποίος οδηγεί στη Χώρα και στην Άνω Μεριά διασχίζοντας κατά μήκος όλο το νησί, καθώς και ο παραλιακός δρόμος για τον οικισμό Λιβάδι που περνάει από όλες τις αμμουδιές, νότια του λιμανιού.
Η Χρυσοσπηλιά
Ξεχωριστό φυσικό μνημείο, ένα δυσπρόσιτο σπήλαιο στη βορειοανατολική πλευρά του νησιού, 30 περίπου μέτρα πάνω από τη θάλασσα, με μεγάλο σπηλαιολογικό και αρχαιολογικό ενδιαφέρον. Το μήκος του είναι 300μ. και διαθέτει δύο κύριους θαλάμους που ενώνονται μεταξύ τους μέσω ενός μικρού διαδρόμου. Στο δάπεδο του πρώτου θαλάμου έχουν βρεθεί ρωμαϊκές δεξαμενές και πλήθος οστράκων, ενώ τον δεύτερο θάλαμο κοσμούν εντυπωσιακοί σταλακτιτικοί σχηματισμοί.
Το στοιχείο όμως που καθιστά τη Χρυσοσπηλιά μοναδικό μνημείο της παγκόσμιας πολιτιστικής κληρονομιάς είναι το πλήθος των αρχαίων ονομάτων που καλύπτουν τα τοιχώματα και την οροφή της. Τα ονόματα χρονολογούνται κυρίως στον 4ο π.Χ. αιώνα και ανήκουν σε εφήβους που έφταναν έως εδώ από όλα τα μέρη της Ελλάδας. Οι έφηβοι που κατόρθωναν να μπουν στον κυρίως θάλαμο έγραφαν τα ονόματά τους, αφήνοντας έτσι τα ίχνη της επίσκεψής τους. Ο σκοπός της επίσκεψης ήταν λατρευτικός· το δύσκολο αυτό εγχείρημα λάμβανε χώρα στα πλαίσια μίας τελετής ενηλικίωσης.
